西元1956年3月，「馬祖戰地政務委員會」因應馬祖島上軍民之需，從部隊徵調來自四面八方釀酒人才，於馬祖牛角村創設「中興酒廠」為酒廠初名，並於1970年更名為馬祖酒廠，1992年馬祖解除戰地政務之後，馬祖酒廠改隸屬連江縣（馬祖）政府，於1999年改制為「馬祖酒廠實業股份有限公司」，為台灣三大公營酒廠之一。
 
四面環海的馬祖酒廠位於北緯26度23分，旗下擁有「南竿廠」、「東引廠」兩個蒸餾酒廠，是台灣緯度最高的島嶼型酒廠，有著得天獨厚的花崗岩水質、氣候、工藝及坑道窖藏四大釀酒條件，承襲傳承一甲子的古法純糧固態發酵釀造工藝，並窖藏於全年恆溫、恆濕坑道中自然熟成，所釀造之馬祖高粱酒色澤晶亮，酒質醇厚，成就了馬祖高粱酒綿、醇、淨、爽的細膩優雅風味。2008年5月20日，被馬英九總統指定為總統副總統就職國宴酒，讓更多人知道馬祖高粱酒的與眾不同，其中馬祖酒廠東湧陳年高粱酒更獲得美國舊金山世界烈酒大賽頒發鉑金獎章的榮耀，成為台灣第一個取得殊榮的白酒品項。